一、航务管理所
　　崇明县航务管理所属行政执法事业单位，行政上隶属于崇明县交通管理局，业务上受上海市航务管理处（上海市地方海事局）指导。正科级单位
　　1、主要职能
　　根据《中华人民共和国内河交通安全管理条例》、《中华人民共和国船舶检验和海上设施检验条例》、《中华人民共和国航道管理条例》、《上海市水路运输管理条例》、《中华人民共和国港口法》的授权，行使内河安全监督管理、内河航道管理、船员证书证件管理、水路运输管理及船舶检验管理职能。
　　2、内设机构及在职人数
　　航务所内设7个科（室、队）和6个管理站。7个科（室、队）分别是：海事科、船证科、运港科、船检科、财务科、办公室和稽查队；6个管理站分别是：奚家港、堡镇、新河老滧、新建和长兴。管理站下设10个签证点，分别是：南八滧、南六滧、南四滧、东平、张网港、老滧、鸽龙、庙港、界河和横沙。
　　编制职数86个，在职人员59名，班子成员3名。党员39名。
　　3、主要办理审批项目
　　水上运输企业、水路运输服务企业和内河水上水下施工作业许可，内河岸线安全许可，修建或设置沿跨内河航道建设项目方案的审查及审批。
　　地址：东门路147号　　联系电话：59623182
 
　　二、城市交通运输管理所
　　城市交通运输管理所属行政执法事业单位，行政上隶属于崇明县交通管理局，业务上受上海市城市交通运输管理处指导。正科级单位。
　　1、主要职能
　　按照《中华人民共和国道路运输条例》、《上海市道路运输管理条例》、《上海市公共汽车和电车客运管理条例》、《上海市出租汽车管理条例》的规定，依法履行全县道路运输业的行政许可，区域性车辆额度分配，运行组织、汽车维修等运政管理职能。
　　2、内设机构及在职人数
　　运管所内设6科1室，分别是综合业务科、货运管理1科、货运管理2科、客运管理科汽修管理科、财务科和办公室。
编制职数35名，在职人数共32名，其中党员25名。
　　3、主要办理审批项目
　　道路货物运输（危险品运输除外）、道路货物运输站（场）、汽车维修（含汽车快修站）和区域内道路客运的经营许可，以及停车场（库）、货运代理和本单位汽车维修许可的备案。
　　 地址：东门路147号　　联系电话：59615413
 
　　三、城市交通行政执法大队
　　城市交通行政执法大队属行政执法事业单位，行政上隶属于崇明县交通管理局，业务上受上海市城市交通行政执法总队指导。正科级单位。
　　1、主要职能
　　全面负责辖区内公共汽电车、出租车、省际客运及客运站、道路货运及货运场站、机动车维修、停车场库、机动车驾驶员培训等经营行为的监督和检查，以及按规定的权限和程序对违法经营者实施行政处罚，规范经营行为，维护市场稳定和发展。
　　2、内设机构和在职人数
　　内设3科1室，分别是稽查科、审理科、法规科和办公室。稽查科下设2个稽查中队、1个道口检查站。
　　编制人数40个，在职人员35名。班子人员4名。党员18名。
　　地址：人民路340号　　电话：59615413

　　四、交通局技术培训中心
　　1、主要职能
　　交通局技术培训中心属服务性事业单位，主要从事交通行业业务知识、特种设备和特殊工种技术培训。
　　2、人员结构
　　编制职数10名，在职人员4名。党员3名。
　　地址：崇安路6号　　电话：69693362

　　五、上海华瀛投资发展有限公司
　　上海华瀛投资发展有限公司经县国资委（原县国资办）同意，由崇明县交通管理局授权，负责交通系统国有集体资产的管理。
　　1、主要职能
　　承担交通企业改制后遗留的资产、人事、财务、安全、生产等方面的管理和服务，开展新项目的投资开发和招商引资工作。
　　2、内设机构及在职人数
　　华瀛公司内设3科1室，分别是资产管理科、计划财务科、劳动人事科和办公室。下设崇明县航运企业联合管理委员会，共有管理人员17名（原交通企业主要领导）。公司核定人数12名，在职人员9名。华瀛公司党总支部有10个下属党支部，共有党员113名。
　　3、目前资产状况及主要工作
　　资产状况：〈1〉除上海海通装卸公司以外，其余交通企业都完成了转改制。海通公司现有人员10名，其中协保人员5名。资产评估值约220万元，由国资和交通各占50%股份；〈2〉崇运第一、第二汽车运输公司对外名义上是局属企业，局占51%股份，实际已转为股份制企业；〈3〉尚有部分实物资产和现金资产。
　　主要工作：负责73名托管人员、234名协保人员、53名军转干部、400多名国有集体职工遗属、1600多名退休职工涉及的相关后续工作，同时负责剩余资产管理、转制职工的稳定和全局招商引资工作。
　　地址：三沙洪路103号　　电话：69617922

　　六、上海崇明港务建设投资管理有限公司
　　上海崇明港务建设投资管理有限公司经县政府同意，由县国资委出资组建，暂由崇明县交通管理局管理。
　　1、主要职能
　　承担市、县投资的港口码头等交通基础设施建设项目。
　　2、内设机构和在职人数
　　港务公司内设3个部门，分别是工程部、财务部和行政部。目前工作人员7名，其中党员3名。
　　3、目前主要工作
　　推进宝杨路、石洞口客运站改扩建工程，开展长横对江渡码头建设工程前期工作。
　　地址：东门路147号　　联系电话：59617259