为适应新时期卫生体制改革的需要，2000年1月，原崇明县卫生防疫站拆为崇明县疾病预防控制中心和崇明县卫生监督所，分别承担监测和监督工作。

　　中心建筑面积7000平方米，现有职工96名，副主任医师3名，主管医师（技师）23名，医师、医士52名。主要仪器设备100余台，价值500万元。中心现主要设置科有办公室、传染病防制科、慢性病防制科、学校卫生科、健康教育科、环境职业医学科、性病艾滋病结核病防制科、免疫预防科、检测业务办公室、检验检测科、体检门诊科、后勤保障科。中心主要承担全县防病监测任务，内容包括各种传染病、非传染性疾病与慢性病的防治、免疫预防、环境与职业卫生的监测、学校卫生、健康教育、实验室检测等工作。本着“预防为主、防治结合”的原则，通过中心全体人员的共同努力，我县各类传染病一直控制在全市基本水平，有效地保障了人民的身体健康。